شواهد تاریخی و باستان شناسی موجود می‌تواند فرضیه آتشگاه بودن اساس و فضای اولیه مسجد جامع یزد را تا حدود بسیار زیادی تایید و بر وجود آن قبل از ورود اسلام به یزد صحه بگذارد.
بروز تحولات سیاسی و تاریخی سده های اول تا سوم هجری قمری و اختلافات میان اعراب و ایرانیان و فراز و نشیب فعالیت های نهضت شعوییه و برخی گروه های ایرانی که خواهان بازگشت به آیین نیاکان خود بودند، در نهایت موجب غلبه اعراب مهاجر یزد و به طور کلی مسلمانان طرفدار خلافت اموی و عباسی شد.
این جریانات عرصه فعالیت پیروان زرتشتی در ایران و منطقه یزد را در آن دوران محدود کرده بود لذا برخی از آنها با علاقه قلبی یا فشار مودیان حکومت وقت به دین اسلام گرویدند و برخی نیز برای حفظ آیین نیاکان خود مجبور به ترک وطن شدند.
به دنبال این وقایع نیز بیشتر مراکز مذهبی زرتشتیان پس از تغییر کاربری به مکانهای مذهبی مسلمانان مانند مسجد جامع و جماعت خانه تبدیل شدند.
واقع شدن مسجد در حومه شهر
دلیل دیگری که در این زمینه وجود دارد در ربض و حومه قرار داشتن مسجد جامع یزد در سده چهارم هجری است که بر این اساس به خاطر قرار داشتن آتشگاه در حومه شهر، این مسجد هم در واقع در کنار این چهارطاقی زرتشتی بنا شده و از آنجایی که در مرکز شهر و مکانی نزدیک به فعالیتهای روز مره مردم شهر و مراکز فعال عمومی نبوده، از نظر موقعیت مکانی در ربض قرار گرفته است.
نزدیکی به آتشکده ساسانی
از سوی دیگر بنا بر تحلیل ها و شواهد عینی برخی باستانشناسان و مورخین همچون «کریستن سن» و «محمد کریم پیرنیا» محلی به نام «تل خاکستر» در حوالی مسجد جامع وجود داشته که این فرضیه را به سمت وجود آتشگاه ساسانی در این مکان تاریخی نزدیک می‌کند.
تقدس مسجد برای زرتشتیان
مقدس داشتن بخشی از فضای تاریخی مسجد جامع از سوی زرتشتیان نیز خود دلیل دیگری است که می تواند بر تایید این موضوع صحه بگذارد چرا که زرتشتیان به پاس میراث سنتی گذشتگان خود در بخشی از این مسجد از زمان های قدیم شمع روشن می کردند و این در حالی است که در زمان های قدیم سختگیریهای زیادی بر ممنوعیت ورود آنها در اماکن مقدس اسلامی وجود داشته است.
با این حال این طور به نظر می رسد که بنای چهارطاقی آتشگاه زرتشتی در واقع اولین مرحله ساختمانی و معماری انجام شده، در فضای تاریخی مسجد جامع کنونی یزد پیش از ورود اسلام به این خطه بوده است.
البته با توجه به شواهد و اظهار نظر برخی مورخان، این احتمال وجود دارد که هم زمان با اختلافات اعراب و ایرانیان در سده اولیه هجری، این محل طعم ویرانی کامل را چشیده و با مسلمان شدن اکثر مردم، مسجدی در جایگاه اولیه آن بنا شده که از اواسط سده سوم هجری این طرح آغاز و در دهه های آخر این قرن به پایان رسیده است و با حکومت صفاریان بر این خطه، فعالیت مذهبی خود را در این مسجد که بعدها ساختمان آن به عناوین مسجد جامع شهرستان یا عتیق خوانده شد، برگزار میکردند.
لازم به ذکر است؛ مسجد جامع کبیر یزد که در حال حاضر در قلب بافت جهانی این شهر واقع شده، از پربازدیدترین جاذبههای تاریخی این دیار است و همزیستی مصالحت آمیز ادیان مختلف اعم از مسلمان، زرتشتیان و یهودیان در یزد از ویژگی های بارز این خطه محسوب میشود.
منبع: شاهکار فیروزه‌ای کویر